Una de las carencias más graves de las Isapres y seguros complementarios, es la limitada cobertura de medicamentos, la que solamente se otorga en internaciones y siempre y cuando los fármacos en cuestión estén reconocidos por decisiones de la autoridad sanitaria, la cual es exasperantemente lenta para dictar la resolución administrativa de reconocimiento. Ocurre así que medicamentos de punta, con varios años de uso en EE.UU o Europa, no son cubiertos en Chile por las aseguradoras, no obstante están siendo utilizados con éxito en algunos establecimientos sanitarios chilenos.
Sin embargo, a través de recursos de protección se ha conseguido la cobertura incluso de drogas de altísimo precio, cuando se ha logrado acreditar técnicamente a través de informes médicos, de sociedades científicas o del Instituto de Salud Pública, la utilidad del medicamento para el enfermo. Ante la Superintendencia de Salud, estas coberturas a favor de los afiliados generalmente no prosperan, ya que la entidad se basa solamente en el reconocimiento administrativo del fármaco en Chile, de manera que si la resolución administrativa de reconocimiento no existe, lisa y llanamente se niega la cobertura.